Le Crocodile du Botswanga, c’est le retour de Thomas Ngijol & Fabrice Eboué après Case Départ ! Leslie Konda, jeune et talentueux footballeur français , repéré à son adolescence par Didier, un agent de faible envergure qui a su le prendre sous sa coupe, vient de signer son 1er contrat d’attaquant dans un grand club de foot espagnol. Au même moment, sa notoriété grandissante et ses origines du Botswanga, petit état pauvre d’Afrique centrale, lui valent une invitation par le Président de la République en personne : Bobo Babimbi, un passionné de football, fraîchement installé au pouvoir après un coup d’état militaire.
Leslie se rend donc pour la 1ère fois dans la nation de ses ancêtres accompagné par Didier pour être décoré par le Président Bobo. Ce dernier s’avère toutefois rapidement, malgré ses grands discours humanistes, un dictateur mégalomane et paranoïaque sous l’influence néfaste de son épouse. À peine ont-ils débarqué que Bobo conclut un deal crapuleux avec Didier : faire pression sur son joueur afin que celui-ci joue pour l’équipe nationale : les Crocodiles du Botswanga…